macOS 10.12.2 にアップデートしたら、Touch Bar のスクリーンショットならぬ、Touch Bar ショットが撮れるようになっていました。

ショートカットキー
- [システム環境設定]-[キーボード]-[ショートカット]-[スクリーンショット]からショートカットキーが確認できました。
shift + command + 6 を押すとファイルに保存できるようです。

Touch Bar ショット
いくつか Touch Bar ショットを撮ってみました。
- Safari の Touch Bar ショットです。

- メールの Touch Bar ショットです。

- プレビューの Touch Bar ショットです。

- ターミナルの Touch Bar ショットです。

終わり
まだ Touch Bar はあまり使えていなくて、Safari のタブを切り替える程度です。